Brest vient , semble-t-il, du mot celtique « bre » (hauteur), ou d'après Pol de Courcy de "Bec-Rest" (lebout de bois).

    Brest est un démembrement de l'ancienne paroisse primitive de Ploubavas (ou Ploueavas, aujourd'hui Guipavas). Dès le 3ème siècle, le territoire de Brest, est occupé par une forteresse. Au 4ème siècle, règne à Brest le roi Bristokus. Au 4ème siècle, la princesse Azénor, fille du prince de Léon, est enfermée au château de Brest. En l'an 792, Mélard, après le meurtre de son frère, s'enferme dans le château de Brest dans le but de se soustraire aux poursuites de son oncle paternel Rivod. Le roi Salomon aurait été tué près de Brest (le 25ème jour de juin 874, d'après Albert Le Grand), en un lieu nommé en breton "Merzer-Salaun" (martyre de Salomon), aujourd'hui La Martyre, près de Landerneau. Afin de s'opposer aux desseins du roi Richard d'Angleterre, qui veut se défaire du jeune duc, les vicomtes de Léon, Guiomarc'h et Hervé, cachent Arthur de Bretagne au château de Brest, en 1196. La paroisse de Brest dépendait autrefois de l'ancien évêché de Léon. 

    Cette forteresse est achetée, en 1239, par le duc de Bretagne Jean 1er au vicomte de Léon, Hervé IV de Léon, le Dissipateur. La bourgade qui s'étend au pied du Château, est enclose de murs vers 1341. Cette première enceinte ne comprend, jusqu'en 1647, que les rues Charronnière, haute des Septs-Saints et Neuve des Sept-Saints. En 1341, le château de Brest, défendu pour Charles de Blois par Garnier de Clisson, est assiégé par Montfort qui s'en empare. Charles de Blois, fait prisonnier, en 1347, à la suite de la bataille de la Roche-Derrien, est enfermé au château de Brest avant son transfert en Angleterre. En 1372, les Anglais sont maîtres du château qu'ils avaient reçu en dépôt de Jean 4, duc de Bretagne. Du Guesclin, pour le roi de France, on tente inutilement le siège. En 1382, secondé par le vicomte de Rohan, les sires de Laval et de Beaumanoir, puis en 1386, par Ollivier de Clisson à la tête de 10 000 hommes, le duc de Bretagne tente en vain l'assaut du château de Brest. Ce n'est qu'en 1397, que le roi Richard II fait évacuer le château de Brest par ses troupes. En 1532, la Bretagne est réunie à la France et Brest devient définitivement française.

    Durant les guerres de la Ligue, Brest gouverné par René de Rieux, marquis de Sourdéac, reste fidèle à Henri IV. 

    En tant que ville, Brest ne naît qu’au 17ème siècle, sous l’impulsion de Richelieu et Colbert qui décide d’y implanter un arsenal de marine (à Penfeld). En effet, en 1631, Richelieu fait élever les premiers magasins de l'arsenal, complété 50 ans plus tard sous Louis XIV qui, par ordonnance de 1681, réunit le bourg de Recouvrance à la ville de Brest. Vers 1647, Charles du Cambout, marquis de Coislin, gouverneur de Brest, fait construire un nouveau rempart partant du quai de la Rive (aujourd'hui quai Tourville), pour aboutir à la rue Saint-Yves. Enfin, en 1681, l'ingénieur de Sainte-Colombe, édifie, sur les plans de Vauban, l'enceinte bastionnée qui allait remplacer celle de 1647. Les fortifications de Brest et de Recouvrance se terminent en 1689 (à l'exception des parapets des remparts qui sont édifiés en 1755 pour Recouvrance, et en 1800 pour Brest). 

    En 1685, les Jésuites sont appelés à Brest, par lettres-patentes de Louis XIV, pour y établir un séminaire chargé de fournir des aumôniers aux vaisseaux du Roi. Le séminaire de Brest, bâti aux frais de l'Etat, est élevé en 1686. 

    En 1858, Napoléon 3 et l'Impératrice Eugènie, visitent Brest et son arsenal. Le 25 avril 1865, Brest est relié au reste de la France par les voies ferrées. Le président de la République, le maréchal de Mac-Mahon, est reçu à Brest le 20 août 1874. 

    Sur la rive droite de la Penfeld, existait dès le XIVème siècle, le village de Sainte-Catherine, érigé autour d'un hospice et d'une chapelle dédiée à sainte Catherine d'Alexandrie. La motte seigneuriale, sur laquelle se dressait la bastille de Quilbignon ou de la Motte-Tanguy dominait ce village. En 1346, un seigneur du Chastel, fonde à l'emplacement de la chapelle Sainte-Catherine, une chapelle dédiée à Notre-Dame de Recouvrance. Le bourg de Sainte-Catherine prend alors aussi le nom de Recouvrance. L'ordonnance royale de 1681, va réunir les deux quartiers de la ville. Le droit de passage entre Brest et Recouvrance était possédé bien avant le XVème siècle par les seigneurs du Chastel. Leurs descendants le vendirent en 1687 à Claude Olivier, conseiller du Roi et docteur-médecin pour la Marine à Brest (30 à 32 personnes se noient le 18 avril 1689).